基因組-Affymetrix OncoScan FFPE芯片檢測服務

OncoScan? FFPE芯片簡介

全基因組拷貝數變異（Copy Number Variation，CNV）在腫瘤的研究中占據十分重要的地位。目前，CNV已被多項研究證明參與了癌癥的發生和發展，其數量和復雜程度更是許多癌癥的預后指標。2013年9月Nature雜志發表了一篇對3299份來自于12種實體瘤樣本的研究，結論表明腫瘤可以依據驅動因素，分為M class (mutation driven，基因突變驅動) 和C class (copy number driven，拷貝數變異驅動)。其中，卵巢癌、乳腺癌、肺(鱗)癌及頭頸癌等癌癥中，CNV類型的驅動突變多于基因突變。這充分表明了CNV在腫瘤研究中的重要性。福爾馬林固定、石蠟包埋（formalin fixation and paraffin embedding，FFPE）是腫瘤醫學領域常見的樣本形式。FFPE樣本通常珍貴且保存時間長，存在樣本量稀少和高度降解的問題。Affymetrix 公司的OncoScan? FFPE檢測產品針對降解狀態的FFPE樣本，開發了分子倒置探針（MIP）技術，在一個試驗中輕松完成拷貝數變異和雜合性缺失(LOH)檢測，并能檢測常見的獲得性突變。

OncoScan? FFPE芯片特點

1. 使用分子倒置探針(MIP)技術，針對FFPE樣本優化設計（探針結合處只需40bp的堿基）；
2. 經7000多個樣本驗證，試驗成功率>90%；所需起始DNA量少，陳舊FFPE樣本也有效(10年或者更久)；
3. 針對約900種癌基因，能達到50-100kb拷貝數的分辨率；
4. 癌基因外的全基因掃描，可達到300kb的分辨率；
5. 可檢測全基因組LOH缺失，包括拷貝數中性的LOH（copy neutral LOH）；
6. 檢測動態范圍可以高達10拷貝以上；
7. 對關鍵癌基因如ERBB2 (Her2)、EGFR、MDM2、MYCFGFR1等，證實與FISH驗證的擴增一致。

伯豪特色

1. 伯豪樣本中心具有10年FFPE樣本處理經驗，應對不同降解情況、不同類別的腫瘤FFPE樣本有獨到的處理方法；
2. 伯豪是通過Affymetrix認證的技術服務供應商，質量穩定，售后有保障；
3. 項目經驗豐富，特別是在腫瘤隊列相關分析中可提供多樣化的分析；
4. 對接伯豪特色的生物標志物開發服務，使用機器學習算法開發基于腫瘤CNV的生物標志物；
5. 伯豪擁有完整的組學平臺，可提供多組學的一站式解決方案。

OncoScan? FFPE芯片樣本要求

樣本準備及建議：

• FFPE切片（10片左右,切片厚度10um左右）

樣品量要求：

1. 樣品純度：RNA 應該去除干凈；
2. 樣品濃度：濃度不低于12ng/μl；
3. 樣品溶劑：溶解在Reduced TE（10mM Tris, pH 8,0，0.1mM EDTA）中；
4. 樣品運輸： DNA低溫運輸（-20℃）；在運輸過程中請用parafilm將管口密封好，以防污染。

OncoScan? FFPE芯片參數

分析內容 

OncoScan? FFPE芯片檢測結果展示

通過OncoScan? FFPE觀察樣本的CNV和LOH

拷貝數探針強度（log2ratio）與B等位基因頻率（B-Allele Frequency, BAF）的結果是判斷樣本是否發生了CNV和LOH的直接依據。圖1展示了拷貝數增加（左圈）和減少（右圈）的示例。

拷貝數增加使log2ratio大于0，且等位基因由2個等位基因增加為3個，因此BAF出現了4條帶型，帶型的頻率分布根據腫瘤樣本和正常樣本的比例決定?？截悢禍p少也會出現4個帶型，原理相似。

OncoScan? FFPE可反映樣本的亞克隆結構

腫瘤樣本具有高度異質性，通過OncoScan? FFPE芯片的分析，可以觀察樣本中的亞克隆結構。圖2展示了樣本中存在2個亞克隆時的情況。2個克隆由于在組織中占比不同，因此發生缺失時log2ratio將出現2個小于0的不同數值，且BAF帶型也將呈現兩種狀態。